VMD-L Mailing List

From: David Alejandro Rincón Daza (darincond_at_unal.edu.co)
Date: Thu Jan 21 2021 - 15:57:41 CST

Thank you to both.
But, is there an argument or paper to vmd have chosen that format?
Molecule:Atom

El mié, 20 ene 2021 a las 10:22, Pawel Kedzierski (<
pawel.kedzierski_at_pwr.edu.pl>) escribió:

> Dear David,
>
> I guess what you refer to is just the default atom label, which is
> completely arbitral; you can label atoms with any text, either via GUI
> (Graphics->Labels..., Properties tab) or using Tcl commands
> <http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node133.html> (e.g. "label
> textformat Atoms 0 { MY OWN ATOM LABEL }". The default format is "%R%d:%a"
> which is substituted with residue name, residue id, colon and atom name.
> However, the residue and atom names are taken from the molecule input file
> and they follow the source format specification.
> <https://urldefense.com/v3/__http://www.wwpdb.org/documentation/file-format.php__;!!DZ3fjg!uKWiixlPzN0Ob7jdx3TOBz8fsTRUMO-tdQaQ8QRtFak6R90whu3STlqvs5y8ftwB0Q$>
>
> Greetings,
> Pawel
>
> Good day colleagues,
> I have an academical curiosity:
>
> What was the reason behind the semantic structure of naming atoms in VMD?
>
> i.e. THR40:HN
>
> Thank you in advance,
> David
>
>
> 

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