Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- c -

• C1 : SimParameters.h
• C1_MATRIX_SIZE : MsmMap.h
• C1_VECTOR_SIZE : MsmMap.h
• C1INDEX : MsmMap.h
• C2 : SimParameters.h
• Calc_Coul_PairSer() : ComputeGBISser.C
• Calc_dEda_Pair() : ComputeGBIS.inl
• Calc_dEda_PairSer() : ComputeGBISser.C
• Calc_dEdr_Pair() : ComputeGBIS.inl
• Calc_dEdr_PairSer() : ComputeGBISser.C
• calc_fulldirect() : ComputeFullDirect.C
• calc_one_theta() : CudaPmeSolverUtilKernel.cu
• calc_theta_dtheta() : CudaPmeSolverUtilKernel.cu
• calcComponentForces() : ComputeBondedCUDAKernel.cu
• CalcDH() : ComputeGBIS.inl
• CalcDHPair() : ComputeGBIS.inl
• CalcDHPairSer() : ComputeGBISser.C
• CalcDHSer() : ComputeGBISser.C
• CALCENERGY : ComputeNonbondedLES.C , ComputeNonbondedPProf.C , ComputeNonbondedFEP.C , ComputeNonbondedPProf.C , ComputeNonbondedGo.C , ComputeNonbondedPProf.C , ComputeNonbondedGo.C , ComputeNonbondedPProf.C , ComputeNonbondedStd.C , ComputeNonbondedGo.C , ComputeNonbondedStd.C , ComputeNonbondedGo.C , ComputeNonbondedStd.C , ComputeNonbondedGo.C , ComputeNonbondedStd.C , ComputeNonbondedGo.C , ComputeNonbondedStd.C , ComputeNonbondedGo.C , ComputeNonbondedTabEnergies.C , ComputeNonbondedGo.C , ComputeNonbondedTabEnergies.C , ComputeNonbondedLES.C , ComputeNonbondedTabEnergies.C , ComputeNonbondedLES.C , ComputeNonbondedTabEnergies.C , ComputeNonbondedLES.C , ComputeNonbondedTI.C
• calcForceEnergy() : CudaComputeNonbondedKernel.cu
• calcGBISPhase() : CudaComputeGBISKernel.cu
• CalcH() : ComputeGBIS.inl
• CalcHPair() : ComputeGBIS.inl
• CalcHPairSer() : ComputeGBISser.C
• CalcHSer() : ComputeGBISser.C
• calcOverlap() : ComputeLCPO.C
• calcPatchNumLists() : CudaTileListKernel.cu
• CALCPATCHNUMLISTSKERNEL_NUM_THREAD : CudaTileListKernel.cu
• CalcScaleSer() : ComputeGBISser.C
• calcTileListPosKernel() : CudaTileListKernel.cu
• CALCULATE : Controller.C
• CALCULATE_ANISO : ComputeAniso.C
• CALCULATE_THOLE_CORRECTION : ComputeThole.C
• CALL : ComputeBondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputePmeCUDAKernel.cu , CudaComputeGBISKernel.cu , CudaComputeNonbondedKernel.cu , ComputePmeCUDAKernel.cu
• call_sendAtomsToHomePatchProcs() : ParallelIOMgr.C
• CALLBACKDATA : Controller.C
• CALLBACKLIST : Controller.C
• cast_array() : varsizemsg.h
• cast_size() : varsizemsg.h
• cbrt : Controller.C , Parameters.h
• CcdCallBacksReset() : ComputeNonbondedCUDA.C , ComputePme.C , CudaComputeNonbonded.C , CudaPmeSolverUtil.C
• cfftb() : pub3dfft.C
• cfftb1() : pub3dfft.C
• cfftf() : pub3dfft.C
• cfftf1() : pub3dfft.C
• cffti() : pub3dfft.C
• cffti1() : pub3dfft.C
• Charge : NamdTypes.h
• charge : ComputeNonbondedBase2.h
• chargePool : CompressPsf.C
• CHDIR : mainfunc.C , SimParameters.C
• check_count : ComputeNonbondedCUDA.C
• CHECK_FEOF : dcdlib.C
• CHECK_FREAD : dcdlib.C
• check_local_count : ComputeNonbondedCUDA.C
• CHECK_PRIORITIES : ComputeGBIS.C
• check_remote_count : ComputeNonbondedCUDA.C
• CHECK_REPLICA : ScriptTcl.C
• CheckParentheses() : FreeEnergyParse.C , FreeEnergyParse.h
• checkSum() : MStream.C
• circShift() : structures.h
• CKLOOP_CTRL_PME_BACKWARDFFT : SimParameters.h
• CKLOOP_CTRL_PME_FORWARDFFT : SimParameters.h
• CKLOOP_CTRL_PME_KSPACE : SimParameters.h
• CKLOOP_CTRL_PME_SENDTRANS : SimParameters.h
• CKLOOP_CTRL_PME_SENDUNTRANS : SimParameters.h
• CKLOOP_CTRL_PME_UNGRIDCALC : SimParameters.h
• CkpvDeclare() : ProcessorPrivate.C
• CkpvExtern() : InfoStream.C , ProcessorPrivate.h
• CkpvStaticDeclare() : BackEnd.C , Communicate.C
• CLASS : ComputeNonbondedBase.h
• CLASSNAME : ComputeNonbondedBase.h
• clear_device_array() : CudaUtils.h
• clear_device_array_async_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• clear_device_array_sync() : CudaUtils.h
• clear_device_array_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• clearGlobalVectors() : CompressPsf.C
• close_dcd_read() : dcdlib.C , dcdlib.h
• close_dcd_write() : dcdlib.C , dcdlib.h
• ClusterCoorMsgBuffer : ParallelIOMgr.h
• ClusterCoorSet : ParallelIOMgr.h
• ClusterCoorSetIter : ParallelIOMgr.h
• ClusterSet : ParallelIOMgr.h
• ClusterSetIter : ParallelIOMgr.h
• ClusterSizeMsgBuffer : ParallelIOMgr.h
• CMAP_PHI_0 : ComputeCrossterms.C
• CMAP_PSI_0 : ComputeCrossterms.C
• CMAP_SETUP_DIM : ComputeCrossterms.C
• CMAP_SPACING : ComputeCrossterms.C
• CMAP_TABLE_DIM : ComputeCrossterms.C
• CMPSIGS : structures.h
• CODE_REDUNDANT : ComputeNonbondedBase2.h , GoMolecule.C , GromacsTopFile.C , MoleculeQM.C
• COLL_AVG : LdbCoordinator.C
• COLL_MAX : LdbCoordinator.C
• COLL_SUM : LdbCoordinator.C
• COLLECT_PERFORMANCE_DATA : ParallelIOMgr.h
• COLVARPROXY_VERSION : colvarproxy_namd_version.h
• compare_bit_reversed() : ComputePme.C , WorkDistrib.C
• CompAtomExtList : NamdTypes.h
• CompAtomList : NamdTypes.h
• compDistance() : HomePatch.C
• compLoad() : ProxyMgr.C
• COMPONENT_DOTPRODUCT : ComputeNonbondedBase.h
• compress_molecule_info() : CompressPsf.C , CompressPsf.h
• COMPRESSED_PSF_MAGICNUM : CompressPsf.h
• COMPRESSED_PSF_VER : CompressPsf.h
• compute_b_moduli() : PmeKSpace.C
• compute_b_spline() : PmeBase.inl
• COMPUTE_CORRECTION : Rebalancer.h
• compute_energy_orthogonal_ckloop() : PmeKSpace.C
• compute_forces_order4_helper() : PmeRealSpace.C
• COMPUTE_HOME_PRIORITY : Priorities.h
• COMPUTE_LOAD : Rebalancer.C
• COMPUTE_PROXY_PRIORITY : Priorities.h
• COMPUTEANGLE_INL : ComputeAngles.inl
• computeAnglesType : ComputeMap.h
• COMPUTEANISO_INL : ComputeAniso.inl
• computeAnisoType : ComputeMap.h
• COMPUTEBOND_INL : ComputeBonds.inl
• computeBondsType : ComputeMap.h
• computeConsForceType : ComputeMap.h
• computeConsTorqueType : ComputeMap.h
• computeCrosstermsType : ComputeMap.h
• computeCylindricalBCType : ComputeMap.h
• COMPUTEDIHEDRALS_INL : ComputeDihedrals.inl
• computeDihedralsType : ComputeMap.h
• computeEFieldType : ComputeMap.h
• computeErrorType : ComputeMap.h
• computeEwaldType : ComputeMap.h
• computeExclsType : ComputeMap.h
• computeExtType : ComputeMap.h
• computeFmmType : ComputeMap.h
• computeFullDirectType : ComputeMap.h
• COMPUTEGBIS_INL : ComputeGBIS.inl
• computeGBISserType : ComputeMap.h
• computeGlobalType : ComputeMap.h
• computeGridForceType : ComputeMap.h
• COMPUTEGROMACSPAIR_INL : ComputeGromacsPair.inl
• computeGromacsPairType : ComputeMap.h
• ComputeHomePatchList : ComputeHomePatches.h
• ComputeID : NamdTypes.h
• computeImpropersType : ComputeMap.h
• computeLCPOType : ComputeMap.h
• ComputeList : NamdTypes.h
• COMPUTEMAPTAG : common.h
• COMPUTEMAX : LdbCoordinator.h
• computeMgr : ComputeNonbondedCUDA.C
• computeMsmMsaType : ComputeMap.h
• computeMsmSerialType : ComputeMap.h
• computeMsmType : ComputeMap.h
• computeNonbondedCUDA2Type : ComputeMap.h
• COMPUTENONBONDEDCUDAEXCL_INL : ComputeNonbondedCUDAExcl.inl
• computeNonbondedCUDAType : ComputeMap.h
• computeNonbondedMICType : ComputeMap.h
• computeNonbondedPairType : ComputeMap.h
• computeNonbondedSelfType : ComputeMap.h
• computePmeCUDAType : ComputeMap.h
• computePmeType : ComputeMap.h
• ComputePtrList : Patch.h
• ComputePtrListIter : Patch.C
• computeQMType : ComputeMap.h
• computeRestraintsType : ComputeMap.h
• computeSelfAnglesType : ComputeMap.h
• computeSelfAnisoType : ComputeMap.h
• computeSelfBondsType : ComputeMap.h
• computeSelfCrosstermsType : ComputeMap.h
• computeSelfDihedralsType : ComputeMap.h
• computeSelfExclsType : ComputeMap.h
• computeSelfGromacsPairType : ComputeMap.h
• computeSelfImpropersType : ComputeMap.h
• computeSelfTholeType : ComputeMap.h
• computeSphericalBCType : ComputeMap.h
• computeStirType : ComputeMap.h
• computeTclBCType : ComputeMap.h
• COMPUTETHOLE_INL : ComputeThole.inl
• computeTholeType : ComputeMap.h
• ComputeType : ComputeMap.h
• const_exclusions : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• constExclusions : CudaComputeNonbondedKernel.cu
• convert() : ParseOptions.C , ParseOptions.h
• convertForces() : ComputeBondedCUDAKernel.cu
• Coordinate : NamdTypes.h
• coords : ScriptTcl.C
• coorType : Output.h
• copy3D_DtoD() : CudaUtils.h
• copy3D_DtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy3D_DtoH() : CudaUtils.h
• copy3D_DtoH_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy3D_HtoD() : CudaUtils.h
• copy3D_HtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy3D_PeerDtoD() : CudaUtils.h
• copy3D_PeerDtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• COPY_ATOM : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• COPY_ATOM_FROM_SHARED : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• COPY_ATOM_TO_SHARED : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• copy_DtoD() : CudaUtils.h
• copy_DtoD_async_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_DtoD_sync() : CudaUtils.h
• copy_DtoD_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_DtoH() : CudaUtils.h
• copy_DtoH_async_T() : CudaUtils.C , CudaUtils.h
• copy_DtoH_sync() : CudaUtils.h
• copy_DtoH_T() : CudaUtils.h , CudaUtils.C
• copy_HtoD() : CudaUtils.h
• copy_HtoD_async_T() : CudaUtils.h , CudaUtils.C
• copy_HtoD_sync() : CudaUtils.h
• copy_HtoD_T() : CudaUtils.h , CudaUtils.C
• COPY_PARAM : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• copy_PeerDtoD() : CudaUtils.h
• copy_PeerDtoD_async_T() : CudaUtils.h , CudaUtils.C
• copyTable() : CudaNonbondedTables.C
• COUL_CONST : ComputeGBISser.C
• COULOMB : ComputeGBIS.inl
• coulomb : ComputeFullDirectBase.h
• COULOMB : common.h
• count_limit : ComputePme.C , ComputeNonbondedCUDA.C
• CPROXY_DE : DataExchanger.h
• cpuloads : NamdHybridLB.C , ProxyMgr.C , NamdCentLB.C
• cpuTime_start : BackEnd.C
• CpvDeclare() : DataExchanger.C
• CpvExtern() : DataExchanger.h
• createCudaComputeNonbonded() : ComputeMgr.C
• CreateNamdCentLB() : NamdCentLB.h , NamdCentLB.C
• CreateNamdDummyLB() : NamdDummyLB.C , NamdDummyLB.h
• CreateNamdHybridLB() : NamdHybridLB.h , NamdHybridLB.C
• createStream() : ComputePmeCUDAMgr.C
• cross() : ComputeBondedCUDAKernel.cu
• CROSSTERM : structures.h
• Crossterm : structures.h
• crossterm_setup() : ComputeCrossterms.C , Parameters.C
• crosstermForce() : ComputeBondedCUDAKernel.cu
• CsmAckHandler() : Communicate.C
• cSMDPair : ComputeQM.h , MoleculeQM.C
• CsmHandler() : Communicate.C
• CTRL_STK_SZ : Thread.h
• CUDA : ComputeNonbondedBase.h
• cuda_affinity_initialize() : BackEnd.C , CudaUtils.C
• cuda_args : DeviceCUDA.C
• cuda_bind_atom_params() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_atoms() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_exclusions() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_force_table() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_GBIS_bornRad() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_GBIS_dEdaSum() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_GBIS_dHdrPrefix() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_GBIS_energy() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_GBIS_intRad() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_GBIS_psiSum() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_lj_table() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_bind_patch_pairs() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_vdw_types() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• cuda_bind_virials() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• CUDA_BONDED_KERNEL_EVENT : DeviceCUDA.h
• cuda_check_local_calc() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_local_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_pme_charges() : ComputePme.C
• cuda_check_pme_forces() : ComputePme.C
• cuda_check_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_remote_calc() : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_check_remote_progress() : ComputeNonbondedCUDA.C
• CUDA_DEBUG_EVENT : DeviceCUDA.h
• cuda_device_pe() : ComputeNonbondedCUDA.h
• cuda_device_shared_with_pe() : ComputeNonbondedCUDA.h
• cuda_errcheck() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputePme.C , ComputeNonbondedCUDA.C
• CUDA_EVENT_ID_BASE : DeviceCUDA.h
• CUDA_EVENT_ID_PME_CHARGES : ComputePme.C
• CUDA_EVENT_ID_PME_COPY : ComputePme.C
• CUDA_EVENT_ID_PME_FORCES : ComputePme.C
• CUDA_EVENT_ID_PME_KERNEL : ComputePme.C
• CUDA_EVENT_ID_PME_TICK : ComputePme.C
• CUDA_EVENT_ID_POLL_LOCAL : DeviceCUDA.h
• CUDA_EVENT_ID_POLL_REMOTE : DeviceCUDA.h
• cuda_finalize() : BackEnd.C , DeviceCUDA.C
• CUDA_GBIS1_KERNEL_EVENT : DeviceCUDA.h
• CUDA_GBIS2_KERNEL_EVENT : DeviceCUDA.h
• CUDA_GBIS3_KERNEL_EVENT : DeviceCUDA.h
• cuda_GBIS_P1() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_GBIS_P2() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_GBIS_P3() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_getargs() : DeviceCUDA.C , BackEnd.C
• cuda_init() : ComputeNonbondedCUDAKernel.cu , ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_init_bspline_coeffs() : ComputePmeCUDAKernel.h , ComputePmeCUDAKernel.cu
• cuda_initialize() : WorkDistrib.C , DeviceCUDA.C
• cuda_nonbonded_forces() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h , ComputeNonbondedCUDAKernel.cu
• CUDA_NONBONDED_KERNEL_EVENT : DeviceCUDA.h
• cuda_pme_charges_batched_dev() : ComputePmeCUDAKernel.cu
• CUDA_PME_CHARGES_BATCHED_PROTOTYPE : ComputePmeCUDAKernel.cu , ComputePmeCUDAKernel.h
• cuda_pme_charges_dev() : ComputePmeCUDAKernel.cu
• CUDA_PME_CHARGES_PROTOTYPE : ComputePmeCUDAKernel.h
• cuda_pme_forces_dev() : ComputePmeCUDAKernel.cu
• CUDA_PME_FORCES_PROTOTYPE : ComputePmeCUDAKernel.h , ComputePmeCUDAKernel.cu , ComputePmeCUDAKernel.h
• CUDA_PME_GATHERFORCE_EVENT : DeviceCUDA.h
• CUDA_PME_SPREADCHARGE_EVENT : DeviceCUDA.h
• CUDA_POLL : ComputePme.C , ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_static_assert : CudaUtils.h
• CUDA_STREAM_CREATE : ComputePme.C
• cuda_stream_finished() : ComputeNonbondedCUDAKernel.h
• cuda_timer_count : ComputeNonbondedCUDA.C
• cuda_timer_total : ComputeNonbondedCUDA.C
• CUDA_TRACE_LOCAL : DeviceCUDA.h
• CUDA_TRACE_POLL_LOCAL : DeviceCUDA.h
• CUDA_TRACE_POLL_REMOTE : DeviceCUDA.h
• CUDA_TRACE_REMOTE : DeviceCUDA.h
• CudaAtomList : NamdTypes.h
• cudaCheck : CudaUtils.h
• cudaCompute : ComputeNonbondedCUDA.C
• cudaDie() : CudaUtils.h , CudaUtils.C , ComputePme.C
• cudaFuncSetSharedMemConfig : ComputePmeCUDAKernel.cu
• cudaNAMD_bug() : CudaUtils.h , CudaUtils.C
• cudaPatches : CudaComputeNonbondedKernel.cu
• cufftCheck : CudaPmeSolverUtil.h
• custom_ComputeQMAtom_Less() : ComputeQM.C
• cutoff2 : CudaComputeNonbondedKernel.cu
• CWDSIZE : mainfunc.C
• CYCLE_BARRIER : common.h