Class Index

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  A  
CudaPmePencilZ   NodePmeInfo   
ABoundAngleRestraint   CudaPmeRealSpaceCompute   NodePmeMgr   
ABoundDiheRestraint   CudaPmeTranspose   NodeProxyMgr   
ABoundDistRestraint   CudaPmeXInitMsg   nodesort   
ABoundPosRestraint   CudaPmeXYInitMsg   nonbonded   
ADiheRestraint   CudaPmeXYZInitMsg   NonbondedCUDASkipMsg   
ADistRestraint   CudaStaticAssert< true >   NonbondedCUDASlaveMsg   
AFixedAngleRestraint   CudaTileListKernel   NonbondedExclValue   
AFixedDiheRestraint   
  D  
NonbondedMICSkipMsg   
AFixedDistRestraint   ParseOptions::DataElement   NonbondedMICSlaveMsg   
AFixedPosRestraint   DataExchanger   NumDevicesMsg   
AForcingAngleRestraint   DataMessage   
  O  
AForcingDiheRestraint   datastream   ObjectArena   
AForcingDistRestraint   DataStreamMsg   ofstream_namd   
AForcingPosRestraint   DeviceBuffer   Output   
AGroup   DeviceCUDA   OutputAtomRecord   
ALambdaControl   DeviceDataMsg   OwnerBox   
ALambdaManager   dihedral   
  P  
Alg7   dihedral_params   Pairlists   
AlgNbor   DihedralElem   PairTable   
AlgRecBisection   DihedralTable   PAL   
AlignVector   DihedralValue   ParallelIOMgr   
AnAngleRestraint   doublecomplex   Parameters   
angle   drude_constants   parm   
angle_params   dummyData   ParseOptions   
AngleElem   
  E  
Patch   
AngleTable   eABF   ComputeNonbondedMIC::patch_record   
AngleValue   eABF1D   ComputeNonbondedCUDA::patch_record   
aniso   eABF2D   patch_sortop_curve_a   
AnisoElem   Entry   patch_sortop_curve_b   
APosRestraint   EntryGlob   patch_sortop_curve_c   
ARestraint   EwaldParticle   PatchData (msm)   
ARestraintManager   ExchangeAtomsMsg   patchDataStrc   
Array   ExchangeAtomsReqMsg   PatchDiagram (msm)   
Array (msm)   ExclElem   PatchElem   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   exclmask   patchInfo   
atom_constants   ExclSigInfo   PatchInfo   
atom_name_info   Exclusion   PatchMap   
AtomCoord (msm)   ExclusionCheck   PatchMapMsg   
AtomCstInfo   ExclusionSignature   PatchMgr   
atomID_less   exlist_sortop   PatchPairRecord   
AtomMap   ExtCoordMsg   PatchProxyListMsg   
AtomMapper   ExtForce   ComputeMap::PatchRec   
AtomNameIdx   ExtForceMsg   CudaComputeNonbonded::PatchRecord   
AtomsCntPerPatchMsg   
  F  
PatchSend (msm)   
AtomSigInfo   FFTCompute   Rebalancer::pcpair   
AtomSignature   FileStack   PDB   
AtomTable   FinishWorkMsg   PDBAtom   
AVector   Flags   PDBAtomRecord   
  B  
float2   PDBData   
BackEnd   floatcomplex   PDBHetatm   
BasicAtomInfo   OutputAtomRecord::floatVals   PDBUnknown   
BlockDiagram (msm)   FloatVector   pe_sortop_bit_reversed   
BlockIndex (msm)   FmmSerialCoordMsg   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
BlockSend (msm)   FmmSerialForceMsg   pe_sortop_coord_x   
BOCgroup   FoldFactor (msm)   pe_sortop_coord_y   
BOID   four_body_consts   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
bond   FullAtom   TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
bond_params   
  G  
pid_sortop_reverse_priority   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   gather_t   PluginIOMgr   
BondElem   GBISCoordMsg   PmeAckMsg   
BondTable   GBISForceMsg   PmeAtomFiler   
BondValue   GBISInput   PmeAtomMsg   
BoundingBox   GBISInput< 1 >   PmeAtomPencilMsg   
Box   GBISInput< 2 >   PmeAtomStorage   
BroadcastClient   GBISInput< 3 >   PmeBlockMsg   
BroadcastClientElem   GBISParam   PmeDoneMsg   
BroadcastMgr   GBISParam< 1 >   PmeEvirMsg   
BroadcastMsg   GBISParam< 2 >   PmeForceMsg   
  C  
GBISParam< 3 >   PmeForcePencilMsg   
C1Matrix   GBISParamStruct   PmeGrid   
C1Vector   GBISResults   PmeGridMsg   
CBase_PmeXPencil   GBISResults< 1 >   PmeKSpace   
CBase_PmeYPencil   GBISResults< 2 >   PmeKSpaceCompute   
CBase_PmeZPencil   GBISResults< 3 >   PmeLaunchMsg   
Controller::checkpoint   GenericAngle   PmeParticle   
HomePatch::checkpoint_t   GenericAtom   PmePencil   
CheckpointAtomsMsg   GenericBond   PmePencilInitMsg   
CheckpointAtomsReqMsg   GenericDihedral   PmePencilInitMsgData   
CheckpointMsg   GenericMol   PmePencilMap   
ClusterCoorElem   GlobalMaster   PmePencilX   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterEasy   PmePencilXMap   
ClusterElem   GlobalMasterFreeEnergy   PmePencilXY   
ClusterSizeMsg   GlobalMasterIMD   PmePencilXYMap   
CollectionMaster   GlobalMasterMisc   PmePencilXYZ   
CollectionMgr   GlobalMasterServer   PmePencilXYZMap   
CollectLoadsMsg   GlobalMasterSMD   PmePencilY   
CollectProxyVectorInstance   GlobalMasterSymmetry   PmePencilZ   
CollectProxyVectorSequence   GlobalMasterTcl   PmeRealSpace   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   GlobalMasterTest   PmeRealSpaceCompute   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   GlobalMasterTMD   PmeRunMsg   
CollectVectorMsg   go_pair   PmeSharedTransMsg   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   go_val   PmeSharedUntransMsg   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   Grid (msm)   PmeStartMsg   
CollectVectorVarMsg   GridFixed (msm)   PmeTransMsg   
colvarproxy_namd   GridforceFullBaseGrid   PmeTranspose   
Communicate   GridforceFullMainGrid   PmeUntransMsg   
CompAtom   GridforceFullSubGrid   PmeXPencil   
CompAtomExt   GridforceGrid   PmeYPencil   
Compute   GridforceLiteGrid   PmeZPencil   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   pntChrgDist   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   GridMsg   Pointer   
ComputeAngles   GroGaussPair   position_index   
ComputeAniso   GroLJPair   PressureProfileReduction   
ComputeBondedCUDAKernel   gromacsPair   PriorityQueue (msm)   
ComputeBonds   GromacsPairElem   processorInfo   
ComputeConsForce   GromacsPairValue   ProxyCombinedResultMsg   
ComputeConsForceMsg   GromacsTopFile   ProxyCombinedResultRawMsg   
ComputeConsTorque   GroupInitMsg   ProxyDataMsg   
ComputeCrossterms   
  H  
ProxyElem   
ComputeCUDAMgr   HashPool   ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeCylindricalBC   HashPoolAdaptorT   ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeMap::ComputeData   HashReal   ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeDihedrals   HashString   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeDPMEDataMsg   heapIterator   ProxyListInfo   
ComputeDPMEResultsMsg   heapRecord   ProxyMgr   
ComputeEField   HomePatch   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeEwald   HomePatchElem   ProxyPatch   
ComputeEwaldMsg   HydroBasedMsg   ProxyResultMsg   
ComputeExcls   HydrogenGroupID   ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeExt   
  I  
ProxySpanningTreeMsg   
ComputeExtAtom   idIndxStr   ProxyTree   
ComputeExtMgr   ijpair   proxyTreeNode   
ComputeFmmSerial   ijpair_sortop_bit_reversed   ProxyUsage   
ComputeFmmSerialAtom   IMDEnergies   ProxyUsageKey   
ComputeFmmSerialMgr   IMDheader   
  Q  
ComputeFullDirect   IMDOutput   QMAtomData   
ComputeGBISAtom   improper   QMCoordMsg   
ComputeGBISser   improper_params   QMForce   
ComputeGBISserMgr   ImproperElem   QMForceMsg   
ComputeGlobal   ImproperValue   QMGrpCalcMsg   
ComputeGlobalDataMsg   indexed_nbthole_pair   QMGrpResMsg   
ComputeGlobalResultsMsg   indexed_table_pair   QMPntChrgMsg   
ComputeGridForce   indexed_vdw_pair   qmSolvData   
ComputeGromacsPair   IndexRange (msm)   
  R  
ComputeHomePatch   InfoRecord   Random   
ComputeHomePatches   infostream   HomePatch::RattleList   
ComputeHomeTuples   InitDeviceMsg   RattleParam   
ComputeImpropers   InitDeviceMsg2   Rebalancer   
computeInfo   InputAtom   RecBisection   
ComputeLCPO   Int2   RecipVirial_t   
ComputeMap   Int3   RecvDeviceMsg   
ComputeMapChangeMsg   OutputAtomRecord::integerVals   ReductionMgr   
ComputeMgr   InterpParams_t   ReductionRegisterMsg   
ComputeMoa   intpair   ReductionSet   
ComputeMsm   IRSet   ReductionSetData   
ComputeMsmMgr   Iterator   ReductionSubmitMsg   
ComputeMsmSerial   Ivec (msm)   RefineOnly   
ComputeMsmSerialAtom   
  L  
RefineTorusLB   
ComputeMsmSerialMgr   LargeIRSet   refSelStr   
ComputeNonbondedCUDA   Lattice   RegisterPatchMsg   
ComputeNonbondedMIC   LCPOAtom   RegisterProxyMsg   
ComputeNonbondedPair   LCPONeighborList   ReplicaDcdAckMsg   
ComputeNonbondedSelf   LdbCoordinator   ReplicaDcdDataMsg   
ComputeNonbondedUtil   LdbMigrateMsg   ReplicaDcdInitMsg   
ComputeNonbondedWorkArrays   listNode   RequireReduction   
ComputePatch   LJTable   ResidueLookupElem   
ComputePatchPair   LocalID   ResizeArray   
ComputePme   LocalLBInfoMsg   ResizeArrayIter   
ComputePmeCUDA   LocalPmeInfo   ResizeArrayPrimIter   
ComputePmeCUDADevice   LocalWorkMsg   ResizeArrayRaw   
ComputePmeCUDAMgr   lphost   Results   
ComputePmeMgr   LSSDataStr   
  S  
ComputePmeUtil   lssDistSort   ScriptParamMsg   
ComputeQM   LSSSubsDat   ScriptTcl   
ComputeQMAtom   
  M  
seg_resid   
ComputeQMMgr   main   Sequencer   
ComputeQMPntChrg   Map (msm)   SetLatticeMsg   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   MathArray   OutputAtomRecord::shortVals   
ComputeRestraints   Matrix4   SimParameters   
ComputeSelfAngles   Matrix4Symmetry   SimpleBroadcastObject   
ComputeSelfAniso   Matrix4TMD   SlaveInitMsg   
ComputeSelfBonds   maxHeap   SortableResizeArray   
ComputeSelfCrossterms   Measure   SortedArray   
ComputeSelfDihedrals   meMMQMGrp   sortop_base   
ComputeSelfExcls   memusageinit   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfGromacsPair   MGridforceParams   sortop_x   
ComputeSelfImpropers   MGridforceParamsList   sortop_y   
ComputeSelfThole   MigrateAtomsCombinedMsg   sortop_z   
ComputeSelfTuples   MigrateAtomsMsg   SplitComputesMsg   
ComputeSphericalBC   MigrationInfo   StreamMessage   
ComputeStir   minHeap   StringList   
ComputeTclBC   minpoint   SubmitReduction   
ComputeThole   MIStream   Sync   
ConfigList   MoaData   
  T  
ConfigList::ConfigListNode   Molecule   table_pair_params   
ConstPointer   MolInfoMsg   LJTable::TableEntry   
Controller   MolInst   TaggedMsg   
ControllerBroadcasts   MOStream   Tensor   
ControllerState   MoveAllByMsg   thole   
cptr_sortop_priority   MoveAtomMsg   TholeElem   
CpuPmeAtomStorage   MoveInputAtomsMsg   TileExcl   
cr_sortop_distance   MovePatch   TileList   
cr_sortop_reverse_priority   MovePatchAtomsMsg   TileListStat   
crossterm   MovePatchesMsg   TileListVirialEnergy   
crossterm_params   MsmBlock   TopoManagerWrapper   
CrosstermData   MsmBlockKernel   TorusLB   
CrosstermElem   MsmBlockMap   Transform   
CrosstermValue   MsmBlockProxyMsg   TransposeBatch   
cuda_args_t   MsmC1HermiteBlock   TuplePatchElem   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   TupleSignature   
CudaAngle   MsmC1HermiteGridCutoff   
  U  
CudaAngleValue   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   UniqueSet   
CudaAtom   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   UniqueSetIter   
CudaBond   MsmGridCutoff   UniqueSetRaw   
CudaBondValue   MsmGridCutoffInitMsg   UniqueSortedArray   
CudaComputeGBISKernel   MsmGridCutoffKernel   UnregisterProxyMsg   
CudaComputeNonbonded   MsmGridCutoffMap   
  V  
CudaComputeNonbondedKernel   MsmGridCutoffProxyMsg   vdw_pair_params   
CudaComputeNonbondedMsg   MsmGridCutoffSetupMsg   vdw_params   
CudaComputeRecord   MsmInitMsg   vdw_val   
CudaCrossterm   MsmProfiler   VDWTable   
CudaCrosstermValue   MsmSerialCoordMsg   vect   
CudaDihedral   MsmSerialForceMsg   Vector   
CudaDihedralValue   MsmTimer   VirialEnergy   
CudaExclusion   
  N  
vmdforce   
CudaFFTCompute   NamdCentLB   vmdsocket   
CudaForce   NamdDummyLB   
  W  
CudaNonbondedTables   NamdHybridLB   wkf_timer   
CudaPatchRecord   NamdProfileEvent   wkfmsgtimer   
CudaPmeAtomStorage   NamdState   WorkDistrib   
CudaPmeKSpaceCompute   nbthole_pair_params   WorkIndex   
CudaPmePencilX   nbthole_pair_value   
  Z  
CudaPmePencilXY   netint   zVector   
CudaPmePencilXYZ   NL_Msm_t   
  _  
CudaPmePencilY   Node   __sort_entry   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _

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