NAMD
Class Index
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  A  
CudaStaticAssert< true >   nonbonded   
CudaTileListKernel   NonbondedCUDASkipMsg   
ABoundAngleRestraint   
  D  
NonbondedCUDASlaveMsg   
ABoundDiheRestraint   NonbondedExclValue   
ABoundDistRestraint   ParseOptions::DataElement   NonbondedMICSkipMsg   
ABoundPosRestraint   DataExchanger   NonbondedMICSlaveMsg   
ADiheRestraint   DataMessage   NumDevicesMsg   
ADistRestraint   datastream   
  O  
AFixedAngleRestraint   DataStreamMsg   
AFixedDiheRestraint   DeviceBuffer   ObjectArena   
AFixedDistRestraint   DeviceCUDA   ofstream_namd   
AFixedPosRestraint   DeviceDataMsg   Output   
AForcingAngleRestraint   dihedral   OutputAtomRecord   
AForcingDiheRestraint   dihedral_params   OwnerBox   
AForcingDistRestraint   DihedralElem   
  P  
AForcingPosRestraint   DihedralTable   
AGroup   DihedralValue   Pairlists   
ALambdaControl   doublecomplex   PairTable   
ALambdaManager   drude_constants   PAL   
Alg7   dummyData   ParallelIOMgr   
AlgNbor   
  E  
Parameters   
AlgRecBisection   parm   
AlignVector   eABF   ParseOptions   
AnAngleRestraint   eABF1D   Patch   
angle   eABF2D   ComputeNonbondedMIC::patch_record   
angle_params   Entry   ComputeNonbondedCUDA::patch_record   
AngleElem   EntryGlob   patch_sortop_curve_a   
AngleTable   EwaldParticle   patch_sortop_curve_b   
AngleValue   ExchangeAtomsMsg   patch_sortop_curve_c   
aniso   ExchangeAtomsReqMsg   PatchData (msm)   
AnisoElem   ExclElem   patchDataStrc   
APosRestraint   exclmask   PatchDiagram (msm)   
ARestraint   ExclSigInfo   PatchElem   
ARestraintManager   Exclusion   patchInfo   
Array   ExclusionCheck   PatchInfo   
Array (msm)   ExclusionSignature   PatchMap   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   exlist_sortop   PatchMapMsg   
atom_constants   ExtCoordMsg   PatchMgr   
atom_name_info   ExtForce   PatchPairRecord   
AtomCoord (msm)   ExtForceMsg   PatchProxyListMsg   
AtomCstInfo   
  F  
ComputeMap::PatchRec   
atomID_less   CudaComputeNonbonded::PatchRecord   
AtomMap   FFTCompute   PatchSend (msm)   
AtomMapper   FileStack   Rebalancer::pcpair   
AtomNameIdx   FinishWorkMsg   PDB   
AtomsCntPerPatchMsg   Flags   PDBAtom   
AtomSigInfo   float2   PDBAtomRecord   
AtomSignature   floatcomplex   PDBData   
AtomTable   OutputAtomRecord::floatVals   PDBHetatm   
AVector   FloatVector   PDBUnknown   
  B  
FmmSerialCoordMsg   pe_sortop_bit_reversed   
FmmSerialForceMsg   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
BackEnd   FoldFactor (msm)   pe_sortop_coord_x   
BasicAtomInfo   four_body_consts   pe_sortop_coord_y   
BlockDiagram (msm)   FullAtom   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
BlockIndex (msm)   
  G  
TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
BlockSend (msm)   pid_sortop_reverse_priority   
BOCgroup   gather_t   PluginIOMgr   
BOID   GBISCoordMsg   PmeAckMsg   
bond   GBISForceMsg   PmeAtomFiler   
bond_params   GBISInput   PmeAtomMsg   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   GBISInput< 1 >   PmeAtomPencilMsg   
BondElem   GBISInput< 2 >   PmeAtomStorage   
BondTable   GBISInput< 3 >   PmeBlockMsg   
BondValue   GBISParam   PmeDoneMsg   
BoundingBox   GBISParam< 1 >   PmeEvirMsg   
Box   GBISParam< 2 >   PmeForceMsg   
BroadcastClient   GBISParam< 3 >   PmeForcePencilMsg   
BroadcastClientElem   GBISParamStruct   PmeGrid   
BroadcastMgr   GBISResults   PmeGridMsg   
BroadcastMsg   GBISResults< 1 >   PmeKSpace   
  C  
GBISResults< 2 >   PmeKSpaceCompute   
GBISResults< 3 >   PmeLaunchMsg   
C1Matrix   GenericAngle   PmeParticle   
C1Vector   GenericAtom   PmePencil   
Controller::checkpoint   GenericBond   PmePencilInitMsg   
HomePatch::checkpoint_t   GenericDihedral   PmePencilInitMsgData   
CheckpointAtomsMsg   GenericMol   PmePencilMap   
CheckpointAtomsReqMsg   GlobalMaster   PmePencilX   
CheckpointMsg   GlobalMasterEasy   PmePencilXMap   
ClusterCoorElem   GlobalMasterFreeEnergy   PmePencilXY   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterIMD   PmePencilXYMap   
ClusterElem   GlobalMasterMisc   PmePencilXYZ   
ClusterSizeMsg   GlobalMasterServer   PmePencilXYZMap   
CollectionMaster   GlobalMasterSMD   PmePencilY   
CollectionMgr   GlobalMasterSymmetry   PmePencilZ   
CollectLoadsMsg   GlobalMasterTcl   PmeRealSpace   
CollectProxyVectorInstance   GlobalMasterTest   PmeRealSpaceCompute   
CollectProxyVectorSequence   GlobalMasterTMD   PmeRunMsg   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   go_pair   PmeSharedTransMsg   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   go_val   PmeSharedUntransMsg   
CollectVectorMsg   Grid (msm)   PmeStartMsg   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   GridFixed (msm)   PmeTransMsg   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   GridforceFullBaseGrid   PmeTranspose   
CollectVectorVarMsg   GridforceFullMainGrid   PmeUntransMsg   
colvarproxy_namd   GridforceFullSubGrid   PmeXPencil   
Communicate   GridforceGrid   PmeYPencil   
CompAtom   GridforceLiteGrid   PmeZPencil   
CompAtomExt   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   pntChrgDist   
Compute   GridMsg   Pointer   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   GroGaussPair   position_index   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   GroLJPair   PressureProfileReduction   
ComputeAngles   gromacsPair   PriorityQueue (msm)   
ComputeAniso   GromacsPairElem   processorInfo   
ComputeBondedCUDAKernel   GromacsPairValue   ProxyCombinedResultMsg   
ComputeBonds   GromacsTopFile   ProxyCombinedResultRawMsg   
ComputeConsForce   GroupInitMsg   ProxyDataMsg   
ComputeConsForceMsg   
  H  
ProxyElem   
ComputeConsTorque   ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeCrossterms   HashPool   ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeCUDAMgr   HashPoolAdaptorT   ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeCylindricalBC   HashReal   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeMap::ComputeData   HashString   ProxyListInfo   
ComputeDihedrals   heapIterator   ProxyMgr   
ComputeDPMEDataMsg   heapRecord   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeDPMEResultsMsg   HomePatch   ProxyPatch   
ComputeEField   HomePatchElem   ProxyResultMsg   
ComputeEwald   HydroBasedMsg   ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeEwaldMsg   HydrogenGroupID   ProxySpanningTreeMsg   
ComputeExcls   
  I  
ProxyTree   
ComputeExt   proxyTreeNode   
ComputeExtAtom   idIndxStr   ProxyUsage   
ComputeExtMgr   ijpair   ProxyUsageKey   
ComputeFmmSerial   ijpair_sortop_bit_reversed   
  Q  
ComputeFmmSerialAtom   IMDEnergies   
ComputeFmmSerialMgr   IMDheader   QMAtomData   
ComputeFullDirect   IMDOutput   QMCoordMsg   
ComputeGBISAtom   improper   QMForce   
ComputeGBISser   improper_params   QMForceMsg   
ComputeGBISserMgr   ImproperElem   QMGrpCalcMsg   
ComputeGlobal   ImproperValue   QMGrpResMsg   
ComputeGlobalDataMsg   indexed_nbthole_pair   QMPntChrgMsg   
ComputeGlobalResultsMsg   indexed_table_pair   qmSolvData   
ComputeGridForce   indexed_vdw_pair   
  R  
ComputeGromacsPair   IndexRange (msm)   
ComputeHomePatch   InfoRecord   Random   
ComputeHomePatches   infostream   HomePatch::RattleList   
ComputeHomeTuples   InitDeviceMsg   RattleParam   
ComputeImpropers   InitDeviceMsg2   Rebalancer   
computeInfo   InputAtom   RecBisection   
ComputeLCPO   Int2   RecipVirial_t   
ComputeMap   Int3   RecvDeviceMsg   
ComputeMapChangeMsg   OutputAtomRecord::integerVals   ReductionMgr   
ComputeMgr   InterpParams_t   ReductionRegisterMsg   
ComputeMoa   intpair   ReductionSet   
ComputeMsm   IRSet   ReductionSetData   
ComputeMsmMgr   Iterator   ReductionSubmitMsg   
ComputeMsmSerial   Ivec (msm)   RefineOnly   
ComputeMsmSerialAtom   
  L  
RefineTorusLB   
ComputeMsmSerialMgr   refSelStr   
ComputeNonbondedCUDA   LargeIRSet   RegisterPatchMsg   
ComputeNonbondedMIC   Lattice   RegisterProxyMsg   
ComputeNonbondedPair   LCPOAtom   ReplicaDcdAckMsg   
ComputeNonbondedSelf   LCPONeighborList   ReplicaDcdDataMsg   
ComputeNonbondedUtil   LdbCoordinator   ReplicaDcdInitMsg   
ComputeNonbondedWorkArrays   LdbMigrateMsg   RequireReduction   
ComputePatch   listNode   ResidueLookupElem   
ComputePatchPair   LJTable   ResizeArray   
ComputePme   LocalID   ResizeArrayIter   
ComputePmeCUDA   LocalLBInfoMsg   ResizeArrayPrimIter   
ComputePmeCUDADevice   LocalPmeInfo   ResizeArrayRaw   
ComputePmeCUDAMgr   LocalWorkMsg   Results   
ComputePmeMgr   lphost   
  S  
ComputePmeUtil   LSSDataStr   
ComputeQM   lssDistSort   ScriptParamMsg   
ComputeQMAtom   LSSSubsDat   ScriptTcl   
ComputeQMMgr   
  M  
seg_resid   
ComputeQMPntChrg   Sequencer   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   main   SetLatticeMsg   
ComputeRestraints   Map (msm)   OutputAtomRecord::shortVals   
ComputeSelfAngles   MathArray   SimParameters   
ComputeSelfAniso   Matrix4   SimpleBroadcastObject   
ComputeSelfBonds   Matrix4Symmetry   SlaveInitMsg   
ComputeSelfCrossterms   Matrix4TMD   SortableResizeArray   
ComputeSelfDihedrals   maxHeap   SortedArray   
ComputeSelfExcls   Measure   sortop_base   
ComputeSelfGromacsPair   meMMQMGrp   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfImpropers   memusageinit   sortop_x   
ComputeSelfThole   MGridforceParams   sortop_y   
ComputeSelfTuples   MGridforceParamsList   sortop_z   
ComputeSphericalBC   MigrateAtomsCombinedMsg   SplitComputesMsg   
ComputeStir   MigrateAtomsMsg   StreamMessage   
ComputeTclBC   MigrationInfo   StringList   
ComputeThole   minHeap   SubmitReduction   
ConfigList   minpoint   Sync   
ConfigList::ConfigListNode   MIStream   
  T  
ConstPointer   MoaData   
Controller   Molecule   table_pair_params   
ControllerBroadcasts   MolInfoMsg   LJTable::TableEntry   
ControllerState   MolInst   TaggedMsg   
cptr_sortop_priority   MOStream   Tensor   
CpuPmeAtomStorage   MoveAllByMsg   thole   
cr_sortop_distance   MoveAtomMsg   TholeElem   
cr_sortop_reverse_priority   MoveInputAtomsMsg   TileExcl   
crossterm   MovePatch   TileList   
crossterm_params   MovePatchAtomsMsg   TileListStat   
CrosstermData   MovePatchesMsg   TileListVirialEnergy   
CrosstermElem   MsmBlock   TopoManagerWrapper   
CrosstermValue   MsmBlockKernel   TorusLB   
cuda_args_t   MsmBlockMap   Transform   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MsmBlockProxyMsg   TransposeBatch   
CudaAngle   MsmC1HermiteBlock   TuplePatchElem   
CudaAngleValue   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   TupleSignature   
CudaAtom   MsmC1HermiteGridCutoff   
  U  
CudaBond   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   
CudaBondValue   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   UniqueSet   
CudaComputeGBISKernel   MsmGridCutoff   UniqueSetIter   
CudaComputeNonbonded   MsmGridCutoffInitMsg   UniqueSetRaw   
CudaComputeNonbondedKernel   MsmGridCutoffKernel   UniqueSortedArray   
CudaComputeNonbondedMsg   MsmGridCutoffMap   UnregisterProxyMsg   
CudaComputeRecord   MsmGridCutoffProxyMsg   
  V  
CudaCrossterm   MsmGridCutoffSetupMsg   
CudaCrosstermValue   MsmInitMsg   vdw_pair_params   
CudaDihedral   MsmProfiler   vdw_params   
CudaDihedralValue   MsmSerialCoordMsg   vdw_val   
CudaExclusion   MsmSerialForceMsg   VDWTable   
CudaFFTCompute   MsmTimer   vect   
CudaForce   
  N  
Vector   
CudaNonbondedTables   VirialEnergy   
CudaPatchRecord   NamdCentLB   vmdforce   
CudaPmeAtomStorage   NamdDummyLB   
  W  
CudaPmeKSpaceCompute   NamdHybridLB   
CudaPmePencilX   NamdProfileEvent   wkf_timer   
CudaPmePencilXY   NamdState   wkfmsgtimer   
CudaPmePencilXYZ   nbthole_pair_params   WorkDistrib   
CudaPmePencilY   nbthole_pair_value   WorkIndex   
CudaPmePencilZ   netint   
  Z  
CudaPmeRealSpaceCompute   NL_Msm_t   
CudaPmeTranspose   Node   zVector   
CudaPmeXInitMsg   NodePmeInfo   
  _  
CudaPmeXYInitMsg   NodePmeMgr   
CudaPmeXYZInitMsg   NodeProxyMgr   __sort_entry   
CudaStaticAssert   nodesort   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _