Class Index

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  A  
CudaPmeRealSpaceCompute   NodePmeInfo   
ABoundAngleRestraint   CudaPmeTranspose   NodePmeMgr   
ABoundDiheRestraint   CudaPmeXInitMsg   NodeProxyMgr   
ABoundDistRestraint   CudaPmeXYInitMsg   nodesort   
ABoundPosRestraint   CudaPmeXYZInitMsg   nonbonded   
ADiheRestraint   CudaStaticAssert< true >   NonbondedCUDASkipMsg   
ADistRestraint   CudaTileListKernel   NonbondedCUDASlaveMsg   
AFixedAngleRestraint   
  D  
NonbondedExclValue   
AFixedDiheRestraint   ParseOptions::DataElement   NonbondedMICSkipMsg   
AFixedDistRestraint   DataExchanger   NonbondedMICSlaveMsg   
AFixedPosRestraint   DataMessage   NumDevicesMsg   
AForcingAngleRestraint   datastream   
  O  
AForcingDiheRestraint   DataStreamMsg   ObjectArena   
AForcingDistRestraint   DeviceBuffer   ofstream_namd   
AForcingPosRestraint   DeviceCUDA   Output   
AGroup   DeviceDataMsg   OutputAtomRecord   
ALambdaControl   dihedral   OwnerBox   
ALambdaManager   dihedral_params   
  P  
Alg7   DihedralElem   Pairlists   
AlgNbor   DihedralTable   PairTable   
AlgRecBisection   DihedralValue   PAL   
AlignVector   doublecomplex   ParallelIOMgr   
AnAngleRestraint   drude_constants   Parameters   
angle   dummyData   parm   
angle_params   
  E  
ParseOptions   
AngleElem   eABF   Patch   
AngleTable   eABF1D   ComputeNonbondedMIC::patch_record   
AngleValue   eABF2D   ComputeNonbondedCUDA::patch_record   
aniso   Entry   patch_sortop_curve_a   
AnisoElem   EntryGlob   patch_sortop_curve_b   
APosRestraint   EwaldParticle   patch_sortop_curve_c   
ARestraint   ExchangeAtomsMsg   PatchData (msm)   
ARestraintManager   ExchangeAtomsReqMsg   patchDataStrc   
Array   ExclElem   PatchDiagram (msm)   
Array (msm)   exclmask   PatchElem   
assert_ProxyResultVarsizeMsg   ExclSigInfo   patchInfo   
atom_constants   Exclusion   PatchInfo   
atom_name_info   ExclusionCheck   PatchMap   
AtomCoord (msm)   ExclusionSignature   PatchMapMsg   
AtomCstInfo   exlist_sortop   PatchMgr   
atomID_less   ExtCoordMsg   PatchPairRecord   
AtomMap   ExtForce   PatchProxyListMsg   
AtomMapper   ExtForceMsg   ComputeMap::PatchRec   
AtomNameIdx   
  F  
CudaComputeNonbonded::PatchRecord   
AtomsCntPerPatchMsg   FFTCompute   PatchSend (msm)   
AtomSigInfo   FileStack   Rebalancer::pcpair   
AtomSignature   FinishWorkMsg   PDB   
AtomTable   Flags   PDBAtom   
AVector   float2   PDBAtomRecord   
  B  
floatcomplex   PDBData   
BackEnd   OutputAtomRecord::floatVals   PDBHetatm   
BasicAtomInfo   FloatVector   PDBUnknown   
BlockDiagram (msm)   FmmSerialCoordMsg   pe_sortop_bit_reversed   
BlockIndex (msm)   FmmSerialForceMsg   WorkDistrib::pe_sortop_compact   
BlockSend (msm)   FoldFactor (msm)   pe_sortop_coord_x   
BOCgroup   four_body_consts   pe_sortop_coord_y   
BOID   FullAtom   WorkDistrib::pe_sortop_diffuse   
bond   
  G  
TopoManagerWrapper::pe_sortop_topo   
bond_params   gather_t   pid_sortop_reverse_priority   
ComputeBondedCUDAKernel::BondedVirial   GBISCoordMsg   PluginIOMgr   
BondElem   GBISForceMsg   PmeAckMsg   
BondTable   GBISInput   PmeAtomFiler   
BondValue   GBISInput< 1 >   PmeAtomMsg   
BoundingBox   GBISInput< 2 >   PmeAtomPencilMsg   
Box   GBISInput< 3 >   PmeAtomStorage   
BroadcastClient   GBISParam   PmeBlockMsg   
BroadcastClientElem   GBISParam< 1 >   PmeDoneMsg   
BroadcastMgr   GBISParam< 2 >   PmeEvirMsg   
BroadcastMsg   GBISParam< 3 >   PmeForceMsg   
  C  
GBISParamStruct   PmeForcePencilMsg   
C1Matrix   GBISResults   PmeGrid   
C1Vector   GBISResults< 1 >   PmeGridMsg   
CBase_PmeXPencil   GBISResults< 2 >   PmeKSpace   
CBase_PmeYPencil   GBISResults< 3 >   PmeKSpaceCompute   
CBase_PmeZPencil   GenericAngle   PmeLaunchMsg   
Controller::checkpoint   GenericAtom   PmeParticle   
HomePatch::checkpoint_t   GenericBond   PmePencil   
CheckpointAtomsMsg   GenericDihedral   PmePencilInitMsg   
CheckpointAtomsReqMsg   GenericMol   PmePencilInitMsgData   
CheckpointMsg   GlobalMaster   PmePencilMap   
ClusterCoorElem   GlobalMasterEasy   PmePencilX   
ClusterCoorMsg   GlobalMasterFreeEnergy   PmePencilXMap   
ClusterElem   GlobalMasterIMD   PmePencilXY   
ClusterSizeMsg   GlobalMasterMisc   PmePencilXYMap   
CollectionMaster   GlobalMasterServer   PmePencilXYZ   
CollectionMgr   GlobalMasterSMD   PmePencilXYZMap   
CollectLoadsMsg   GlobalMasterSymmetry   PmePencilY   
CollectProxyVectorInstance   GlobalMasterTcl   PmePencilZ   
CollectProxyVectorSequence   GlobalMasterTest   PmeRealSpace   
CollectionMgr::CollectVectorInstance   GlobalMasterTMD   PmeRealSpaceCompute   
CollectionMaster::CollectVectorInstance   go_pair   PmeRunMsg   
CollectVectorMsg   go_val   PmeSharedTransMsg   
CollectionMgr::CollectVectorSequence   Grid (msm)   PmeSharedUntransMsg   
CollectionMaster::CollectVectorSequence   GridFixed (msm)   PmeStartMsg   
CollectVectorVarMsg   GridforceFullBaseGrid   PmeTransMsg   
colvarproxy_namd   GridforceFullMainGrid   PmeTranspose   
Communicate   GridforceFullSubGrid   PmeUntransMsg   
CompAtom   GridforceGrid   PmeXPencil   
CompAtomExt   GridforceLiteGrid   PmeYPencil   
Compute   GridforceFullBaseGrid::GridIndices   PmeZPencil   
ComputeNonbondedMIC::compute_record   GridMsg   pntChrgDist   
ComputeNonbondedCUDA::compute_record   GroGaussPair   Pointer   
ComputeAngles   GroLJPair   position_index   
ComputeAniso   gromacsPair   PressureProfileReduction   
ComputeBondedCUDAKernel   GromacsPairElem   PriorityQueue (msm)   
ComputeBonds   GromacsPairValue   processorInfo   
ComputeConsForce   GromacsTopFile   ProxyCombinedResultMsg   
ComputeConsForceMsg   GroupInitMsg   ProxyCombinedResultRawMsg   
ComputeConsTorque   
  H  
ProxyDataMsg   
ComputeCrossterms   HashPool   ProxyElem   
ComputeCUDAMgr   HashPoolAdaptorT   ProxyGBISP1ResultMsg   
ComputeCylindricalBC   HashReal   ProxyGBISP2DataMsg   
ComputeMap::ComputeData   HashString   ProxyGBISP2ResultMsg   
ComputeDihedrals   heapIterator   ProxyGBISP3DataMsg   
ComputeDPMEDataMsg   heapRecord   ProxyListInfo   
ComputeDPMEResultsMsg   HomePatch   ProxyMgr   
ComputeEField   HomePatchElem   ProxyNodeAwareSpanningTreeMsg   
ComputeEwald   HydroBasedMsg   ProxyPatch   
ComputeEwaldMsg   HydrogenGroupID   ProxyResultMsg   
ComputeExcls   
  I  
ProxyResultVarsizeMsg   
ComputeExt   idIndxStr   ProxySpanningTreeMsg   
ComputeExtAtom   ijpair   ProxyTree   
ComputeExtMgr   ijpair_sortop_bit_reversed   proxyTreeNode   
ComputeFmmSerial   IMDEnergies   ProxyUsage   
ComputeFmmSerialAtom   IMDheader   ProxyUsageKey   
ComputeFmmSerialMgr   IMDOutput   
  Q  
ComputeFullDirect   improper   QMAtomData   
ComputeGBISAtom   improper_params   QMCoordMsg   
ComputeGBISser   ImproperElem   QMForce   
ComputeGBISserMgr   ImproperValue   QMForceMsg   
ComputeGlobal   indexed_nbthole_pair   QMGrpCalcMsg   
ComputeGlobalDataMsg   indexed_table_pair   QMGrpResMsg   
ComputeGlobalResultsMsg   indexed_vdw_pair   QMPntChrgMsg   
ComputeGridForce   IndexRange (msm)   qmSolvData   
ComputeGromacsPair   InfoRecord   
  R  
ComputeHomePatch   infostream   Random   
ComputeHomePatches   InitDeviceMsg   HomePatch::RattleList   
ComputeHomeTuples   InitDeviceMsg2   RattleParam   
ComputeImpropers   InputAtom   Rebalancer   
computeInfo   Int2   RecBisection   
ComputeLCPO   Int3   RecipVirial_t   
ComputeMap   OutputAtomRecord::integerVals   RecvDeviceMsg   
ComputeMapChangeMsg   InterpParams_t   ReductionMgr   
ComputeMgr   intpair   ReductionRegisterMsg   
ComputeMoa   IRSet   ReductionSet   
ComputeMsm   Iterator   ReductionSetData   
ComputeMsmMgr   Ivec (msm)   ReductionSubmitMsg   
ComputeMsmSerial   
  L  
RefineOnly   
ComputeMsmSerialAtom   LargeIRSet   RefineTorusLB   
ComputeMsmSerialMgr   Lattice   refSelStr   
ComputeNonbondedCUDA   LCPOAtom   RegisterPatchMsg   
ComputeNonbondedMIC   LCPONeighborList   RegisterProxyMsg   
ComputeNonbondedPair   LdbCoordinator   ReplicaDcdAckMsg   
ComputeNonbondedSelf   LdbMigrateMsg   ReplicaDcdDataMsg   
ComputeNonbondedUtil   listNode   ReplicaDcdInitMsg   
ComputeNonbondedWorkArrays   LJTable   RequireReduction   
ComputePatch   LocalID   ResidueLookupElem   
ComputePatchPair   LocalLBInfoMsg   ResizeArray   
ComputePme   LocalPmeInfo   ResizeArrayIter   
ComputePmeCUDA   LocalWorkMsg   ResizeArrayPrimIter   
ComputePmeCUDADevice   lphost   ResizeArrayRaw   
ComputePmeCUDAMgr   LSSDataStr   Results   
ComputePmeMgr   lssDistSort   
  S  
ComputePmeUtil   LSSSubsDat   ScriptParamMsg   
ComputeQM   
  M  
ScriptTcl   
ComputeQMAtom   main   seg_resid   
ComputeQMMgr   Map (msm)   Sequencer   
ComputeQMPntChrg   MathArray   SetLatticeMsg   
CudaComputeNonbonded::ComputeRecord   Matrix4   OutputAtomRecord::shortVals   
ComputeRestraints   Matrix4Symmetry   SimParameters   
ComputeSelfAngles   Matrix4TMD   SimpleBroadcastObject   
ComputeSelfAniso   maxHeap   SlaveInitMsg   
ComputeSelfBonds   Measure   SortableResizeArray   
ComputeSelfCrossterms   meMMQMGrp   SortedArray   
ComputeSelfDihedrals   memusageinit   sortop_base   
ComputeSelfExcls   MGridforceParams   sortop_bit_reversed   
ComputeSelfGromacsPair   MGridforceParamsList   sortop_x   
ComputeSelfImpropers   MigrateAtomsCombinedMsg   sortop_y   
ComputeSelfThole   MigrateAtomsMsg   sortop_z   
ComputeSelfTuples   MigrationInfo   SplitComputesMsg   
ComputeSphericalBC   minHeap   StreamMessage   
ComputeStir   minpoint   StringList   
ComputeTclBC   MIStream   SubmitReduction   
ComputeThole   MoaData   Sync   
ConfigList   Molecule   
  T  
ConfigList::ConfigListNode   MolInfoMsg   table_pair_params   
ConstPointer   MolInst   LJTable::TableEntry   
Controller   MOStream   TaggedMsg   
ControllerBroadcasts   MoveAllByMsg   Tensor   
ControllerState   MoveAtomMsg   thole   
cptr_sortop_priority   MoveInputAtomsMsg   TholeElem   
CpuPmeAtomStorage   MovePatch   TileExcl   
cr_sortop_distance   MovePatchAtomsMsg   TileList   
cr_sortop_reverse_priority   MovePatchesMsg   TileListStat   
crossterm   MsmBlock   TileListVirialEnergy   
crossterm_params   MsmBlockKernel   TopoManagerWrapper   
CrosstermData   MsmBlockMap   TorusLB   
CrosstermElem   MsmBlockProxyMsg   Transform   
CrosstermValue   MsmC1HermiteBlock   TransposeBatch   
cuda_args_t   MsmC1HermiteBlockProxyMsg   TuplePatchElem   
ComputePmeMgr::cuda_submit_charges_args   MsmC1HermiteGridCutoff   TupleSignature   
CudaAngle   MsmC1HermiteGridCutoffProxyMsg   
  U  
CudaAngleValue   MsmC1HermiteGridCutoffSetupMsg   UniqueSet   
CudaAtom   MsmGridCutoff   UniqueSetIter   
CudaBond   MsmGridCutoffInitMsg   UniqueSetRaw   
CudaBondValue   MsmGridCutoffKernel   UniqueSortedArray   
CudaComputeGBISKernel   MsmGridCutoffMap   UnregisterProxyMsg   
CudaComputeNonbonded   MsmGridCutoffProxyMsg   
  V  
CudaComputeNonbondedKernel   MsmGridCutoffSetupMsg   vdw_pair_params   
CudaComputeNonbondedMsg   MsmInitMsg   vdw_params   
CudaComputeRecord   MsmProfiler   vdw_val   
CudaCrossterm   MsmSerialCoordMsg   VDWTable   
CudaCrosstermValue   MsmSerialForceMsg   vect   
CudaDihedral   MsmTimer   Vector   
CudaDihedralValue   
  N  
VirialEnergy   
CudaExclusion   NamdCentLB   vmdforce   
CudaFFTCompute   NamdDummyLB   vmdsocket   
CudaForce   NamdHybridLB   
  W  
CudaNonbondedTables   NamdNborLB   wkf_timer   
CudaPatchRecord   NamdProfileEvent   wkfmsgtimer   
CudaPmeAtomStorage   NamdState   WorkDistrib   
CudaPmeKSpaceCompute   nbthole_pair_params   WorkIndex   
CudaPmePencilX   nbthole_pair_value   
  Z  
CudaPmePencilXY   netint   zVector   
CudaPmePencilXYZ   NL_Msm_t   
  _  
CudaPmePencilY   Node   __sort_entry   
CudaPmePencilZ   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | Z | _

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